La Unidad de Bioinformática del CBMSO centra su investigación en el análisis, modelado, simulación y predicción a nivel molecular de problemas biológicos básicos, mediante el uso de técnicas computacionales

En particular, investiga en:

1) Comprensión de la relación entre secuencia y estructura en proteínas. El genoma almacena la estructura primaria, la secuencia de las proteínas. Pero es la estructura terciaria de las mismas la que determina su funcionalidad. Entender qué relación existe entre el código unidimensional contenido en la secuencia lineal de una proteína y su estructura tridimensional, e implementar este conocimiento en métodos de predicción de estructuras tridimensionales, resulta fundamental para leer desde un punto de vista biológico las instrucciones que de cada organismo se encuentran contenidas en las bases de datos genómicas. Por ello estamos investigando en algoritmos para mejorar la predicción de estructuras tridimensionales, así como para acelerar los procesos de determinación estructural por técnicas biofísicas (figura 1).

2) Simulación del proceso de reconocimiento molecular entre biomoléculas. Un evento clave en el establecimiento de cualquier respuesta biológica es el reconocimiento estructural, la interacción, entre las biomoléculas, o entre las biomoléculas y los ligandos, que se encuentran implicados en ella. Simular este proceso es necesario para lograr la manipulación racional de la respuesta biológica. Estamos desarrollando algoritmos que permitan simular de forma rápida este proceso y descubrir qué moléculas orgánicas, posibles fármacos, podrían modificarlo de un modo predeterminado.

3) Descubrimiento de redes génicas. Los mecanismos de reconocimiento molecular determinan los circuitos génicos que subyacen a las respuestas celulares. Descubrir y catalogar estos circuitos es un primer paso obligado para llegar a entender estas respuestas desde un punto de vista molecular. Estamos desarrollando métodos computacionales de análisis de datos de microarray que permitan la elucidación de los circuitos génicos subyacentes.